Theo quyết định, Trưởng Ban Chỉ đạo là Phó Chủ tịch UBND tỉnh phụ trách công tác IUU tỉnh Khánh Hòa. Các Phó Trưởng ban gồm Giám đốc Sở Nông nghiệp và Môi trường (Phó Trưởng ban Thường trực) và Chỉ huy trưởng Ban Chỉ huy Bộ đội Biên phòng tỉnh.
Các thành viên gồm lãnh đạo Ban Tuyên giáo Tỉnh ủy, Công an tỉnh, Phó Giám đốc Sở Nông nghiệp và Môi trường phụ trách thủy sản, Văn phòng UBND tỉnh, các Sở: Tài chính, Công Thương, Tư pháp, Xây dựng, Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Khoa học và Công nghệ; Chủ tịch UBND các xã, phường: Đại Lãnh, Vạn Thắng, Vạn Ninh, Đông Ninh Hòa, Nam Ninh Hòa, Tu Bông, Bắc Nha Trang, Nha Trang, Nam Nha Trang, Cam Lâm, Nam Cam Ranh, Cam Ranh, Cam Linh, Ba Ngòi, Vĩnh Hải, Ninh Hải, Ninh Chử, Đông Hải, Phước Dinh, Cà Ná; và Giám đốc Trung tâm Quản lý Khai thác các công trình thủy sản. Chi cục trưởng Chi cục Thủy sản và Biển đảo làm Thư ký Ban Chỉ đạo kiêm Tổ trưởng Tổ giúp việc.
Thời gian qua, hầu hết các tàu cá tỉnh Khánh Hòa chấp hành các quy định về IUU. Ảnh: KS.Ban Chỉ đạo IUU tỉnh Khánh Hòa có nhiệm vụ tham mưu, tổng hợp, đề xuất Chủ tịch UBND tỉnh các giải pháp cấp bách, trọng tâm về chống khai thác IUU; kiến nghị giải quyết vướng mắc vượt thẩm quyền; tổ chức sơ kết, đánh giá tình hình; và đề xuất hình thức xử lý đối với các tổ chức, cá nhân không thực hiện nghiêm chỉ đạo. Ban Chỉ đạo cũng giúp Chủ tịch UBND tỉnh chỉ đạo, phối hợp giải quyết các công việc liên ngành và kiểm tra, đôn đốc việc thực hiện các văn bản chỉ đạo của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, các bộ, ngành và UBND tỉnh.
Ban Chỉ đạo và Tổ giúp việc hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm. Sở Nông nghiệp và Môi trường Khánh Hòa làm cơ quan Thường trực Ban Chỉ đạo, chịu trách nhiệm theo dõi, giám sát, tổng hợp báo cáo định kỳ và đột xuất gửi Trưởng Ban Chỉ đạo, Chủ tịch UBND tỉnh và Bộ Nông nghiệp và Môi trường. Kinh phí hoạt động của Ban Chỉ đạo do ngân sách nhà nước đảm bảo trong dự toán chi hàng năm của Sở Nông nghiệp và Môi trường.